Universite de Geneve Cours Bioinformatique Seance de Travaux Pratiques Alignements et Alignements Multiples 26 mars 1997 BUT --- Etant donnee une sequence de proteines, utiliser les algorithmes d'alignement disponible sur le web et des bases de donnees classiques telles que SwissProt et EMBL pour rechercher des sequences similaires, analyser les alignements resultants, et pour produire un alignement multiple avec un sous-ensemble de sequences similaires. 1) Selection de la sequence de depart ------------------------------------- - Se connecter au site SwissProt http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html - Chercher la sequence a partire du nom "FPG_ECOLI" 2) Recherche de sequences similaires ------------------------------------ - Ouvrire un deuxiemen browser web, sur la page: http://www.expasy.ch/www/tools.html - Dans "Similarity Searches" cliquer dans BLAST - introduire par copy-paste la sequence FPG_ECOLI et lancer la recherche - analyser le resultats - comparer les differents resultats obtenus en changeant les parametres - Choisir la methode "Bic" - introduire la sequence de reference par copy and paste - analyser les resultats - Comparer les resultats obtenus avec differentes methodes 3) Alignements multiples ------------------------ - Multalin - Aller dans le site: http://www.expasy.ch/www/tools.html - Dans Alignements multiples, choisir Multalin - Entrer 5 sequences similaires, separes d'une ligne commencant par le symbole ">" (par exemple les sequences avec les ID "FPG_*") - Visualiser les resultats avec Results Viewer - Clustal - Sauver les memes sequences dans des fichiers dans le directoire /user/u4/bioinfo/programs/data - Aller dans le directoire /user/u4/bioinfo/programs - Lancer la commande clustalw, et effectuer l'alignement - Visualiser les resultats avec seaview - Analyser et comparer les resultats issus des deux methodes A. Bairoch, E. Gasteiger, R. Milanese March 25, 1997